Program Protokoly ukládá vytváří dva druhy souborů: konfigurační soubor a soubor s projekty. Oba druhy odpovídají standardu jazyka XML (viz [2]). České znaky se vždy kódují podle kódu ISO 8859-2 (viz [3]). Pro oddělení desetinných míst lze použít tečku i čárku bez ohledu na Místním nastavení v Ovládacích panelech.